距离东京三百公里外的凤凰岛上，发生了一起人员被马匹踩踏而死的事件，谁知却让杉下右京（水谷丰饰）的老搭档神户尊（及川光博饰）找上门来原来这座私人小岛正提供给有自卫队背景的某民兵组织作为训练基地，而该组织似乎涉嫌制造生化武器。神户受警察厅次长甲斐峰秋（石坂浩二饰）指派，命令杉下与搭档甲斐享（成宫宽贵饰）以调查命案的名义前往凤凰岛，暗中侦查生化武器的证据。特命系二人组在民兵组织负责人神室司（伊原刚志饰）的引导下来到事故现场，而杉下则察觉到这起突发背后似乎有着某种人为的因素存在。当他和随后赶来的伊丹（川原和久饰）等人渐渐逼近事实事实时，心怀鬼胎的政要突然命令自卫队对他们采取行动第三季开始相棒开始步入正轨，许多设定延续至今，如：片头曲主旋律的确定、特命系办公室和花之里的布置、右京的透明新棋盘、一课三人组正式成立等，明显发出了相棒要做大的讯息。从破案过程来说，基本是根据右京的直觉，小龟大胆假设，右京再以此为灵感找到破案依据。01特命系解散，片山雏子登场，官房长面临降职，濑户内胡子没了，还蹦出个美和子外遇对象”今泉“02继续01的案件，第一次将AIBOU概念正式提出的是大河内，第一次看到右京桑开车。01里表现纯良的片山一点也不简单，其秘书自杀呼应了S2-11的那句政坛名句。03第三季第一个故事终于结束，交代了很多故事主线信息，接下来会有更多案件和政界密切相关。片山水很深，濑户内很可爱，关键时刻还要靠老狐狸耍手段。案件本身说明内部沟通很重要，凶手要求部下装窃听器，结果因为自己被反窃听而愤怒起了杀意。但如果只有自己不被窃听，谁是始作俑者不就暴露了？另一方面因追查窃听器事件导致自己曝露的居然是同伴，无语了。04-05模仿小说杀人，看似简单的案件需要用两集来阐述，很明显真相不这么简单。但毫无线索可循的就找到了关键点，剧本处理比较草率。05里提到米泽老婆因为他喝酒跑了，至今